Berdasarkan pertauran Menteri Agama RI No. 8 tahun 2005 tentang organisasi tatakerja UIN Suska Riau dan Peraturan Menteri Agama Ri nomor 56 Tahun 2006 tentang Perubahan atas Peraturan menteri Agama Ri no. 8 Tahun 2005 tentang Organisai dan Tatakerja UIN Suska dan Keputusan senat UIN Suska Riau Nomor Un. 04/Senat-Univ/75.00.9/27/2010 tentang statuta UIN Suska Riau. Susunan organisasi UIN Suska sebagai berikut :
a. Dewan Penyantun
b. Dewan Pengawas
c. Rektor dan Pembantu Rektor
d. Senat Universitas
e. Fakultas
1. Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
2. Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum
3. Fakultas Ushuluddin
4. Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi
5. Fakultas Saind dan Teknologi
6. Fakultas Psikologi
7. Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial
8. Fakultas Pertanian dan Peternakan
f. Program Pascasarjana
g. Lembaga Penelitian dan Pengembangan
h. Lembaga Pengabdian dan Penjaminan Mutu
i. Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu
j. Ma’had Jamiah
k. Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan
l. Biro Administrasi Umum
m. Biro Perencanaan dan Pengawasan
n. Satuan Pengendali Internal
o. Pusat Pengembangan Usaha
p. Unit Pelaksana Tehnis
1. Perpustakaan
2. Pusat Bahasa
3. Pusat Komputer
4. Pusat Pengembangan Sumber Daya
Pejabat
Rektor : Prof. Dr. H.M. Nazir
Pembantu Rektor I : Prof. Dr. H. Munzir Hitami, M.A
Pembantu Rektor II : Prof. Dr. H. Ilyas Husti, M.A
Pembantu Rektor III : Drs. Sudirman, M.Ag
Pembantu Rektor IV : Drs. Promadi, M.A, Ph.D
Pejabat Fakultas
Dekan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan : Dr. Hj. Helmiati, M.ag
Dekan Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum : Dr. H. Akbarizan, M.Ag, M.Pd
Dekan Fakultas Ushuluddin : Dr. Salmaini Yelli, M.Ag
Dekan Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi : Prof. Dr. M. Amril, M.A
Dekan Fakultas Saind dan Teknologi : Dra. Hj. Yenita Morena, M.Si
Dekan Fakultas Psikologi : Dr. Tohirin, M.Pd
Dekan Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial : Dr. Mahendra Romus, SP. M.Ec
Dekan Fakultas Pertanian dan Peternakan : Dr. Ir. H. Tantan Rustandi Wiradarya, M.Sc
